Enkele upgrade problemen 3.6.5 naar 3.7

Ik ben een kennis aan het helpen zijn server en Joomla te upgraden.
Er draait nog php 5.3.x op en apache 2.2.31 (in cli mode, geen suphp en geen mod_ruid)
Mysql 5.5.52

Er waren wat problemen bij de upgrade van een verse Joomla 3.6.4 installatie naar 3.7.
Allereerst continue de melding "Error: invalid login" als je de update aanklikte en daarna opnieuw moest inloggen om de upgrade te verifiëren.
Het /tmp path stond goed ingesteld, zowel voor php (in de cpanel server php.ini) alsook in de Joomla configuratie. Update wilde ook niet werken als ik aangaf via FTP. 1x lukte het wel om in te loggen maar toen kwam er gelijk een 403 pagina. Daarna is het niet meer gelukt en bleef die invalid login terug komen.
Heb vele pagina's gelezen, werkte niet.
Via de module pagina wat veel geadviseerd werd en dan "zoek updates", werd ook geen update gevonden.
Dat was probleem 1, oorzaak onbekend, maar misschien werpt dat licht op probleem 2 waar de vraag over gaat.

Dus maar de update zip uitgepakt op de harddisk, met FTP geupload en overschreven.
Daarna via beheer modules de database gefixed. Volgens mij daarna op "extensies -> ontdekken" geduwd om de rest te controleren.

Toen verscheen de volgende melding:
Waarschuwing:
Verwijderen authentication.php mislukt
Verwijderen data.php mislukt
Verwijderen dumpable.php mislukt
Verwijderen set.php mislukt
Verwijderen default_batch.php mislukt
Verwijderen edit_extrafields.php mislukt
Verwijderen edit_options.php mislukt
Verwijderen metadata.xml mislukt
Verwijderen bar.php mislukt
Verwijderen default.php mislukt
Verwijderen default_enabled.php mislukt
Verwijderen default_disabled.php mislukt
Verwijderen components.php mislukt
Verwijderen languages.php mislukt
Verwijderen thumbs_doc.php mislukt
Verwijderen thumbs_folder.php mislukt
Verwijderen thumbs_img.php mislukt
Verwijderen thumbs_video.php mislukt
Verwijderen none.js mislukt
Verwijderen none.min.js mislukt
Verwijderen moxieplayer.swf mislukt
Verwijderen tiny-close.js mislukt
Verwijderen tiny-close.min.js mislukt
Verwijderen mysettings.php mislukt
Verwijderen plugin.js mislukt
Verwijderen plugin.min.js mislukt

Gelukkig dit gecopiëerd en geplakt, want ik kan dit niet meer herhalen, deze melding komt niet meer tevoorschijn.

Vraag: Is er nu inderdaad iets mis gegaan met de upgrade?
Zoja, hoe moet ik dat fixen? Want de nodige van genoemde bestanden zie je in meerdere directory's terug.
Zo nee, waarom kwam die melding dan?

Volgens de check staan schrijfrechten goed op de server.

Heb je intussen de verouderde systeemsoftware geupdate naar recentere versies?
Joomla 3.7 geeft bij de requirements aan: Minimaal PHP 5.6, voorkeur 7.0 of 7.1
Recente mySQL of MariaDB kan ook geen kwaad.
Mijn oudste testsysteem draait op PHP 5.5.38 en dat gaat net... meestal.
Allerlei functies lopen echter niet lekker. Systeem is verder ok voor opslag van mijn back-ups .

Nee nog niet. Is zoals gezegd van een kennis en ik wilde alleen weten of dat kwaad kon dat al die bestanden aangegeven werden als zijnde "niet verwijderd" en of dat alsnog zou moeten gebeuren.

Als dat geen probleem is dan kan hij verder. Ik ben al een paar jaar aan het roepen dat het geupgrade moest worden maar het werd maar steeds uitgesteld. Het is een Joomla met een stukje custom software er bij.
Ik kan de server niet upgraden, totdat de oude Joomla 3.2.5 (dacht ik) naar die 3.7 is omgezet, want dat is de bedoeling daar heeft hij een stukje software voor gekocht.

Als dat eenmaal omgezet is, kan ik eindelijk gaan beginnen die php en mysql eens te upgraden. Php had ik voorheen namelijk al eens geprobeerd maar toen ging dus die Joomla 3.2.5 vervelend doen.

De vraag is dus of we ons al dan niet zorgen moeten maken om dat lijstje verwijderde bestanden, zo niet dan kan ie verder. Zoja, dan gaan we even weer een frisse 3.6 op zetten en dan de conversie van 3.2.5 naar 3.6 doen.
En dan dus php en mysql upgrade... eeeeiiinnnndelijk. LoL.

Normaal gesproken hoeven oude bestanden (overgebleven van oude versies van Joomla of extensies) niet een probleem te zijn.
Als een werkend systeem aanwezig is, dan zijn de oude restanten alleen ballast, maar doen effectief niets.
Ik zou een back-up trekken (met FTP) voor het geval dat... en daarna gewoon verder gaan.

Voor een maatje met een gehackte/beschadigde site heb ik wel eens op een Windows map een complete back-up gemaakt en daarna van een Joomla distro/download (zelfde versie) alle core-bestanden eroverheen gezet.
Tenslotte alle extra extensies (waren er niet zoveel) gedownload en ook eroverheen gezet en dat geheel weer teruggezet ipv de beschadigde site. Dat bleek voldoende om weer in de lucht te komen; de database was hier ok.

Succes

Ja dat is nu net wat ik me afvraag. Is het inderdaad verouderd en niet meer nodig? En zo nee wil ik ze graag verwijderen.
Weg=weg. Alleen is het zo dat die bestandsnamen in meerdere mappen staan.

Een backup is er sowieso al, gelukkig wel.
Schiet me eigenlijk iets te binnen. Hij kan ook gewoon alles wegkiepen en even een nieuwe lege 3.7 maken, net zo handig, heb je ook geen overbodige bestanden. Niet aan gedacht, stom eigenlijk. Want er staat toch nog geen inhoud in bij mijn weten.

Ga het zo eens proberen.
Bedankt voor je antwoorden en tips!